Nachdem Johannes mit Jesus als dem Christus bekannt gemacht worden war, folgte er ihm nach Galiläa, wo er in Kana Augenzeuge des ersten Wunders Jesu wurde (Johannes 2,1-11). Vielleicht begleitete er Jesus von Galiläa nach Jerusalem und durch Samaria wieder zurück nach Galiläa, denn sein lebendiger Bericht scheint den Stempel eines Augenzeugen der darin geschilderten Ereignisse zu tragen. Aus dem Bericht selbst geht dies jedoch nicht hervor (Joh 2 bis 5).
Johannes gab aber vielleicht seine Beschäftigung als Fischer noch eine Zeitlang, nachdem er mit Jesus bekannt geworden war, nicht auf. Im darauffolgenden Jahr, als Jesus am See Genezareth entlangwanderte, waren Jakobus und Johannes mit Zebedäus, ihrem Vater, dabei, ihre Netze auszubessern. Da forderte Jesus sie auf, sich fortan ausschließlich als „Menschenfischer“ zu betätigen. Lukas berichtet darüber:
„Da brachten sie die Boote ans Land zurück und verließen alles und folgten ihm“
(Matthäus 4,18-22; Lukas 5,10, 11; Markus 1,19, 20
Später wurden sie als Apostel des Herrn Jesus Christus ausgewählt (Mat 10:2-4).
Johannes gehörte zu den drei Jüngern, die mit Jesus am vertrautesten waren. Petrus, Jakobus und Johannes wurden von ihm auf den Berg der Verklärung mitgenommen (Matthäus 17,1, 2; Markus 9,2; Lukas 9,28, 29). Sie waren die einzigen Apostel, die mit ihm in das Haus des Jairus gehen durften (Markus 5,37; Lukas 8,51). In der Nacht, in der Jesus verraten wurde, durften sie mit ihm weiter in den Garten Gethsemane hineingehen als die anderen, obwohl auch sie die volle Tragweite des Geschehens nicht erkannten, denn dreimal schliefen sie ein und mussten von Jesus geweckt werden (Matthäus 26,37, 40-45; Markus 14,33, 37-41).
Als Jesus das letzte Passah feierte und das Abendmahl des Herrn einführte, nahm Johannes den Platz neben ihm ein (Johannes 13,23). Er war auch der Jünger, dem kurz vor dem Tode Jesu die ungewöhnliche Ehre zuteil wurde, sich um Jesu Mutter zu kümmern (Johannes 21,7, 20; 19,26, 27).