Gegen Ende des ersten Jahrhunderts v. Chr. annektierte das Römische Reich die Region. Kaiser Augustus schenkte die Gegend Herodes I. dem Großen, der um 20 v. Chr. im Bereich des Heiligtums einen Tempel für Augustus und die Göttin Roma errichten ließ.
Nach Herodes’ Tod im Jahre 4 wurde sein Königreich unter seinen drei Söhnen aufgeteilt. Der nördliche Teil (Galiläa) und der Golan ging an Philippos, der Paneas (Gottt Pans) zu seiner Hauptstadt machte, die Stadt auf dem vor dem Kultbereich liegenden Plateau südlich der Quellpools ausbaute und in Caesarea Philippi umbenannte. Ein Handelsweg verband sie mit Tyrus, ein anderer mit Damaskus. Wie einige andere Orte (z. B. Caesarea Maritima an der Mittelmeerküste) wurde die Siedlung zu Ehren des römischen Kaisers „Caesarea“ benannt; zur Unterscheidung erhielt der Ort den Namenszusatz „Philippi“. Im Alltagsgebrauch blieb jedoch der bisherige, populäre Ortsname Paneas weiter in Verwendung.
Auch unter Herodes Agrippa II. in der zweiten Hälfte des ersten Jahrhunderts blieb Paneas die Hauptstadt und wurde stark und luxuriös erweitert. Zwei weitere Tempel wurden östlich der Höhle errichtet, einer davon Pan und den Nymphen gewidmet, ein anderer dem Zeus Heliopolitanus.