Franz. I. war Kaiser in Frankreich zur Zeit Martin Luthers. Franz I., ohnehin sehr aufgeklärt und aufgeschzudem wohl noch durch seine Schwester beeinflusst, zeigte sich gegenüber den theologischen Aspekten der beginnenden Reformationsbewegung nicht abgeneigt. So hielt er zum Beispiel über Lefèvre seine schützende Hand, als gegen diesen nach einer Abhandlung über Maria Magdalena ein Prozess wegen Ketzerei angestrengt worden war.
Zunächst einmal durfte also in der Zeit etwa um 1520 der reformatorische Gedanke auch in Frankreich Fuß fassen. Von den Humanisten fand er auch rasch seinen Weg ins gehobene Bürgertum.
Beginnende Verfolgung
Sehr schnell setzte jedoch eine katholische Gegenbewegung ein. Die Amtsträger der Kirche sahen ihre Lehren durch die aufkommende Bewegung gefährdet: 1521 wurde Luther vom Papst exkommuniziert, die Pariser Universität Sorbonne verdammte seine Lehren. Franz I. geriet dadurch zunehmend unter Druck, und zwar aus zwei Gründen:
Der erste war innenpolitischer Natur: Nach 1520 wurde schnell deutlich, dass die Reformation eben nicht nur eine theologische Angelegenheit war, die sich in den Studierzimmern der Gelehrten breit machte, sondern dass die Thesen die bestehende klerikale (und eng damit verbunden auch die weltliche) Machtstruktur anzugreifen begannen. Franz konnte kein Interesse daran haben, dass die Reformer jetzt am Stuhl derjenigen Adeligen sägten, denen er gerade kirchliche Ämter, Würden und Einnahmequellen verschafft hatte, und die eine wesentliche Stütze seiner Herrschaft über Frankreich darstellten.
Zum zweiten befand sich Franz I. zu dieser Zeit mit den Habsburgern, genauer gesagt, mit dem deutschen Kaiser Karl V. in einem schweren Konflikt. Frankreich war über die Niederlande, Deutschland und Spanien von den Habsburgern in die Zange genommen, in Norditalien befand sich Frankreich im offenen Krieg mit den Habsburgern. Hätte Franz der Reformation in Frankreich freien Lauf gelassen, so hätte er auch noch Rom gegen sich gehabt, und Karl V., der 1521 über Luther die Reichsacht verhängt hatte, wäre – dann von Rom unterstützt – von einer Invasion Frankreichs nicht mehr abzuhalten gewesen. Auch diese außenpolitische Überlegung zwang Franz dazu, sich mehr und mehr vom Protestantismus zu distanzieren.
So kam es zunehmend zu Repressalien gegen die Protestanten, die sich zu einer Verfolgung zumindest des öffentlichen Protestantismus ausweiteten: Die erste Hinrichtung eines französischen Protestanten ist für den 8. August 1523 belegt, als der Augustinermönch Jean Vallière in Paris am Pfahl verbrannt wurde.
Untergrundkirche
Der Protestantismus wurde bis etwa 1530 zunehmend in den Untergrund gedrängt. Ein Teil der Protestanten floh, unter anderem in die reformierten Orte der Schweiz,