Am 23. Februar 303 leitete Diokletian in der neuen Reichshauptstadt Nikomedia in Kleinasien die letzte und brutalste Welle der römischen Christenverfolgung durch die Verkündung eines Verfolgungsediktes ein. Die Christenverfolgung war wohl vor allem der politischen Theologie der Tetrarchie geschuldet: Nach traditioneller römischer Ansicht waren Staat und Religion nicht zu trennen.
Die Verfolgung, die von den einzelnen Kaisern (das Prinzip der Tetrarchie bestand daraus, dass es mehrere Kaiser gab) unterschiedlich intensiv betrieben wurde (im Westen weniger hart als im Osten), währte bis 311. Ebenso wurde der Manichäismus von Diokletian energisch bekämpft. Da er die göttlich abgeleitete Deutungshoheit allein beim Kaiser sah, wollte er weltanschauliche Erklärungsversuche auch nicht den Manichäern überlassen und ging gesetzlich gegen sie vor. Sein Manichäeredikt drohte den Anhängern bei Verbreitung der Lehre den Tod an und die anschließende Konfiszierung ihres Vermögens.