Der Koran erwähnt Johannes (Yaḥyā) und schildert, dass Zacharias Nachricht über die Geburt eines Sohnes von Engeln bekam. Er bat Allah um ein Zeichen, woraufhin Zacharias drei Tage lang (anders als in der Bibel) nicht zu den Menschen sprach (Sure 3:38–41, 19:10). Der Koran gibt zwar keine Details zum Leben Johannes’, sagt aber, dass er „Weisheit“ hatte, „als er noch ein Kind war“ (Sure 19,13).
Es wird berichtet, dass Johannes mit wilden Tieren aß, da er den Kontakt mit anderen Menschen fürchtete. Überdies weinte Johannes sehr oft. Dies begründete er damit, dass die Brücke zwischen Hölle und Paradies nur mit Tränen überschritten werden könne.
Die Anhänger Johannes’ des Täufers werden im Koran vermutlich als Sabäer bezeichnet.